樣品在電泳凝膠或者其他載體上的遷移率不一樣，以標準品或者其他的替代標準品相比較就會對未知樣品作一個定性分析。這個就是化學發光凝膠成像儀定性的基礎。根據未知樣品在圖譜中的位置可以對其作定性分析，就可以確定它的成份和性質。
樣品對投射或者反射光有部分的吸收，從而照相所得到的圖像上面的樣品條帶的光密度就會有差異。光密度于樣品的濃度或者質量成線性關系。根據未知樣品的光密度，通過于已知濃度的樣品條帶的光密度指相比較就可以得到未知樣品的濃度或者質量。這就是圖像分析系統定量的基礎。化學發光凝膠成像儀采用技術的紫外透射光源和白光透射光源使光的分布更加均勻，zui大限度的消除了光密度不均造成的對結果的影響。
化學發光凝膠成像儀應用范圍
總體上來說化學發光凝膠成像儀可應用于：凝膠成像系統可以用于：蛋白質、核酸、多肽、氨基酸、多聚氨基酸等其他生物分子的分離純化結果作定性分析。
1、是不是像素越高，產品就越好？
像素是要針對成像設備來看的，比如數碼相機與CCD的像素就不具備可比性，其次CCD本身的質量比單純的像素高低更重要。對于同級別CCDzui重要的指標是其大小，也就是CCD尺寸，尺寸越大其本身價值就成幾何倍地增長。
2、配件紫外反射燈源的主要用途為何？
紫外反射燈源使用并不廣泛，主要是提供非透明材質的DNA跑膠載體如紙層析等的成像需要而使用。由于比較常用的還是透明的瓊脂糖凝膠與聚丙烯酰胺凝膠，透射光源*可以滿足，因此將紫外反射光源作為選配件不列入標配中。
3、能否在化學發光凝膠成像儀上直接切膠？
領成化學發光凝膠成像儀可以，如需直接切膠，首先按系統中間的觀察窗，打開裝有進口防紫外玻璃的觀察窗口，然后打開左右兩側專為割膠所設計的小門，即可進行切膠操作。
4、如何調節焦距聚焦光圈以獲得高質量的圖片？
三個zui重要的可調參數分別是焦距聚焦和光圈。其中焦距調節清晰度，聚焦調節圖像大小，光圈調節明暗。一般先把光圈調節到適宜的亮度后，再調節聚焦將圖像放到zui大，zui后調解焦距，在圖像較大的情況下焦距比較容易調節到zui清晰狀態，然后再把圖像縮放在適宜大小后成像即可。
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